苏丹是一个多宗教并存的国家，伊斯兰教、基督教和非洲原始宗教为主要宗教。讲阿拉伯语且信奉伊斯兰教的苏丹北方人（包括阿拉伯人和黑人）与讲英语或土著语且信奉原始宗教或基督教的南方人（主要是黑人）的矛盾构成国家的基本矛盾。苏丹爆发两次内战均有宗教因素。因此，宗教信仰问题是苏丹历次宪法的主题之一。1958年、1973年和1985年的宪法均规定伊斯兰教为国教；1998年和2005年的宪法则规定宗教信仰自由。

  1、伊斯兰教

  公元6、7世纪以后，随着伊斯兰教传入，苏丹北部逐步伊斯兰化或阿拉伯化。目前，穆斯林大约占全国人口的75%，在苏丹北部、中部地区及首都喀土穆周围地区，居民几乎都信奉伊斯兰教，清真寺遍布，仅喀土穆市区内就有大小400多座。苏丹北部多设有伊斯兰教法庭，按伊斯兰教法受理教民中的案件。苏丹的伊斯兰教属于逊尼派，在教法上遵从哈乃斐学派或马立克学派，在东部地区也有一些属罕百里派的信徒。苏丹和其他非洲穆斯林国家不同的是有着大量的教团性质的教派，各自有一套组织系统和一些不同的礼仪习俗。

  2、基督徒

  从历史的角度看，基督教在苏丹有着很深的渊源，基督教的传入要早于伊斯兰教，从北方的埃及和南方的埃塞俄比亚传入努比亚。苏丹曾是最古老的基督教传播地区，曾建立过基督教国家并强盛一时。目前基督教徒约占苏丹总人口的5%，但在苏南方则是占到了人口的10%-15%。全国境内大约有数百个教堂、教会学校和基督教中心。苏丹的基督教派有科普特派、天主教和新教。

  3、非洲原始宗教

  苏丹人口中有相当一部分人，尤其是在南方的黑人部落地区，人们依然信奉非洲原始宗教。原始宗教的形态不完全一致，每个部落信奉的神灵亦不同，但基本特点是相信万物有灵，并崇拜自己的祖先。信奉非洲原始宗教的居民约占全国人口的5%-10%左右。事实上这些居民往往不同程度地同时信奉伊斯兰教或基督教。苏丹西部的富尔人虽然在名义上信奉伊斯兰教，但他们仍然崇拜石头和树木。